基础体温是指人经过较长时间（6-8小时）的睡眠以后醒来，尚未起床，进食，说话等任何活动之前所测量到的体温。比如在早晨从熟睡中醒来，体温尚未受到运动饮食或情绪变化影响时所测出的体温。
基础体温通常是人体一昼夜中的最低体温。清晨起来，如果你的身体健康，起床时间相同，那么体温也基本相同。而平时在体检或其他时候测量的体温容易受到运动、饮食等各方面影响，所以相对差异较大。
男性每天的基础体温一般变化不大，发育成熟女性的基础体温则有周期性的规律变化。一般正常育龄妇女的基础体温与月经周期一样，呈周期性变化，这种体温变化与女性的排卵有关，所以基础体温的观察经常被应用于确定女性的排卵期、黄体、是否怀孕等。
