男性生殖系统同样也分内、外生殖器两部分。外生殖器包括阴囊和阴茎。内生殖器则由三部分组成：生殖腺为睾丸；生殖管道有附睾、输精管、射精管和尿道；附属性腺有精囊、前列腺、尿道球腺和尿道旁腺。
睾丸虽属内生殖器，但位于体外，包含在阴囊中，左右各一。主要有两种功能：产生精子和分泌雄激素。
附睾呈半月形，紧贴睾丸后外上方。主要功能是储存精子，并通过输精管将精子输送到精囊。在射精时，经过狭小的射精管开口，将精液射入尿道并排出体外。精囊和前列腺是附属性腺中的主要部分。前列腺外形似栗子，位于膀胱颈下方，包绕着尿道的最上面部分。精囊则位于前列腺上方，膀胱的后面。精囊接受来自附睾的精子并储存起来，供给精子营养和能源。精囊和前列腺分泌的碱性液体对于中和阴道酸性环境起着重要作用，以利精子的生存和活动。前列腺可经直肠触及。
阴茎是男性的泌尿和性交器官，平时约6—11厘米，勃起时可增至15—18厘米。当性兴奋时，由于阴茎背部左右两条阴茎海绵体充血、膨大，而使阴茎呈勃起状态。阴茎头也称龟头，在非勃起状态，部分被包皮覆盖，勃起时完全暴露在外面。个别人包皮过长，将龟头完全包盖，应作包皮环状切除手术，以免在包皮与龟头后面的冠状沟内藏匿污垢，引起发炎、粘连，甚至引发癌变。同时过长的包皮还干扰射精和造成性交困难，不利生育。有些先天尿道下裂的患者，因性交射精时精液外流，也会影响生育，均应施行手术矫治。
