一个精子可能有多种缺陷，可以按其主要缺陷统计。如果笼统说“正常精液应有６０％以上的正常形态的精子”是不合适的，因为精子形态有正常变异范围，而且不同的变异或畸形对生育的作用和影响也不同。精子形态判断时应包括以下内容（仅供参考）。
＞６０％的正常椭圆形精子头（包括半数左右的可疑者），若＜３０％不正常；
＜６％的圆锥形精子头，若超过１０％的不正常；
＜８·６％的不规则精子头，若超过５０％不正常；
＜０·５％的不成熟精子，增多意味着精子生成或精子成熟过程出现障碍；
＜２０％中段缺陷，若超过２５％不正常；
＜２０％尾部畸形，若超过２５％不正常。
如果形态异常的精子超过７０％，特别是妻子有习惯性流产时，就应该考虑进行染色体核型检查，男方很可能具有染色体异常，需要排除这种可能性。如果异常精子少于７０％，那么，也许是精索静脉曲张、职业或环境接触毒物、放射线、微波、服用药物、感染及应激等因素影响了睾丸生精过程。应该分析和寻找这些具有毒性作用的因素，如果存在这些因素，则应对症治疗或尽量改变这种状况，去除不利影响。至于附性腺感染时，精子形态在光学显微镜下多无特殊改变。有人研究过前列腺炎患者后发现，已有子女而因性功能问题来就诊者的精子形态正常，因不育来就诊者的精子形态与其他无炎症者也无显著区别。
精子形态异常时，因为头过大或其他形态异常不利于穿透宫颈粘液所形成的微小通道。宫颈粘液中常可见到头特别小的精子，多数因为无顶体存在。
如果畸形精子症找不出任何明确原因时，可以诊断为特发性畸形精子症，它实质上是一种原因不明的睾丸生精障碍。可以采用五子衍宗丸并随症加减的中医药治疗方法促进生精作用。
